Göbek Kaşar yapımında kullanılan süt, genellikle inek sütüdür. Süt sağıldıktan sonra kaynatılır ve mayalanır. Mayalanan süt peynir altı suyundan ayrılır ve peynir kalıplarına dökülür. Peynirler peynir kalıplarında bir süre bekletildikten sonra preslenir ve tuzlu suda yıkanır. Daha sonra peynirler olgunlaştırma odalarına alınır ve burada 2-6 ay boyunca olgunlaştırılır.